Dalam menjalankan aktifitasnya, AKATIGA mengembangkan prinsip independen, multidisiplin, partisipatif dan berorientasi pada upaya penguatan posisi masyarakat sipil, khususnya mereka yang lemah dan tertinggal dalam proses pembangunan. Upaya penguatan tersebut dilakukan melalui kajian kritis terhadap proses dan kebijakan pembangunan yang berdampak pada rakyat kecil. Ada empat topik besar yang menjadi fokus analisis kritis AKATIGA. Pertama, masalah perburuhan dan hubungan kerja/hubungan industrial dengan isu sentral seputar kebijakan pengupahan, pengorganisasian buruh dan pola-pola sengketa perburuhan. Kedua, masalah dinamika usaha kecil dalam konteks pengembangan ekonomi rayat dengan fokus kepada persoalan struktural yang dihadapi usaha kecil dalam rangka meningkatkan kemampuan mereka untuk mengakumulasi modal. Ketiga, masalah ketimpangan distribusi sumber daya utama rakyat yang difokuskan kepada isu struktur relasi agraria. Keempat, isu demokratisasi lokal yang bertujuan untuk memberikan pandangan kritis terhadap berbagai inisiatif di kalangan ‘civil society’ maupun pemerintah. Kelima, topik kajian AKATIGA tersebut dilakukan dalam upaya membuka peluang kelompok miskin untuk membangkitkan kemandiriannya dan dapat berpartisipasi dalam proses pembangunan.